Wyniki leczenia antybiotykami polienowymi zmian grzybiczych umiejscowionych śródgałkowo są bardzo niezadowalające. Penetracja nystatyny i amfoterycyny jest niewielka po wstrzyknięciu podspojówkowym, a śródgałkowo podane leki działają drażniąco. W związku z tym, nawet jeżeli dochodzi do eliminacji grzybów, to wynik leczenia może być zły z powodu upośledzenia widzenia. Amfoterycyna podawana ogólnie osiąga znaczne stężenia w obrębie gałki ocznej, lecz niebezpieczeństwo związane z leczeniem ogólnym jest ogromne i dlatego należy je podejmować jedynie w potwierdzonych przypadkach zakażenia grzybiczego. Śródgałkowo wstrzyknięta amfoterycyna ma działanie bardzo drażniące, lecz małe dawki (34-40 ug w 0,05 ml wody destylowanej) nie wykazują tego działania. Dobrze znoszone jest przez chorych wstrzyknięcie do cieczy wodnistej lub ciała szklistego 200 j.m. nystatyny, ale uzyskane stężenia (6-12 ug/ml) utrzymują się jedynie przez 24 h. Większe dawki lub powtarzanie wstrzyknięcia powodują zwyrodnienie ciała szklistego. Zachęcające wyniki uzyskano po skojarzonym leczeniu miejscowo i doustnie flucytozyną w dawce 150-200 mg/kg masy ciała.